Sposoby (metody) sprawozdawania kosztów pośrednich w projektach:

• Sposób I - jednostka wylicza i sprawozdaje rzeczywistą wartość swoich kosztów pośrednich. Model ten mogą stosować instytucje posiadające system księgowy pozwalający na wyodrębnienie tego typu kosztów, często w rzeczywistości przewyższających ryczałt naliczany wg sposobu II. Jednakże, planowane jest   wprowadzenie nowego systemu zarządzania na wyższych uczelniach i stosowanie metody rzeczywistego naliczania kosztów. Więcej na ten temat w raporcie KE oraz w streszczeniu opracowanym przez KPK.
• Sposób II - koszty pośrednie są rozliczane jako ryczałt wg stawki ustalonej przez Komisję Europejską, przy czym są one liczone jako procent od poniesionych kosztów bezpośrednich z wyłączeniem usług obcych (subcontracting). Ryczałt na koszty pośrednie nie musi być potwierdzany dokumentami księgowymi.

Wysokość ryczałtu na koszty pośrednie (liczony jako procent od kosztów bezpośrednich z wyłączeniem kosztów podwykonawstwa oraz kosztów zasobów udostępnionych przez strony trzecie, które nie są wykorzystywane na terenie beneficjenta):

• Podstawowa stawka - 20%.


• Dla podmiotów publicznych o charakterze niezarobkowym, szkół średnich i wyższych, organizacji badawczych i MŚP, (które nie są w stanie wyliczyć rzeczywistych kosztów pośrednich przypadających na projekt), gdy uczestniczą w projektach zawierających działania w zakresie badań i rozwoju technologicznego oraz działania demonstracyjne - ryczałt na koszty pośrednie wynosi: 60%.


• W badaniach pionierskich (program POMYSŁY) - 20%.


• Projekty badawczo-szkoleniowe Marie Curie (program LUDZIE) - 10%.


• W projektach typu "Akcje koordynujące i wspierające" koszty pośrednie ograniczone są do 7%. 

Instytucja zobowiązana jest stosować wybrany sposób rozliczania do wszystkich projektów realizowanych w 7.PR. Jeśli jednak koszty pośrednie poprzedniego projektu rozliczane były jako ryczałt, to istnieje możliwość sprawozdania ich w sposób rzeczywisty w następnym projekcie. W takim jednak przypadku wszystkie kolejne projekty muszą być konsekwentnie rozliczane wg nowo wybranego sposobu. Odwrotny kierunek zmian jest niemożliwy.

Wszystkie wydziały, instytuty, działy i inne jednostki organizacyjne w ramach jednej osoby prawnej muszą stosować ten sam system rozliczania kosztów, chyba że zostanie zastosowana klauzula specjalna 30, która pozwala na rozliczanie się w sposób rzeczywisty jednostki organizacyjnej w ramach instytucji rozliczającej swoje koszty pośrednie ryczałtem, w sytuacji, kiedy dana jednostka organizacyjna posiada odpowiedni system księgowy.